郑文灿涉贪案中，桃园地检署提出具体金流以及监听译文，揪出捆绑现金的「银行图样有猫腻」甚至在郑文灿住处主卧室暗柜搜出678万5千元现金，让郑文灿不仅遭到羁押47天，还在8月27日遭到起诉。
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反观柯文哲涉图利、贪污案，尽管京华城案虽颇有争议，但检廉大动作搜索民众党中央党部（柯办公室）、柯文哲住处，却未掌握对价关系及金流事证；甚至有媒体报导柯妻陈佩琪在ATM存款大额现金，却无法查出与京华城案有何相关，遭质疑「谁放的消息？」另北检还误导院方，声称京华城案关系人邵琇珮「畏罪潜逃」，遭当事人打脸，表示之前根本未被传唤，现在才紧补破网。
且很多「重要关系人」北检不先处理，却直接逮捕、声押柯文哲，是否有人给予压力？虽然调查、起诉，本就是检察官的职权，但必须基于证据，然北检在侦办过程荒腔走板，也涉及「有罪推定」、「罗织罪名」，更出现了侦查不独立，甚至为了回应外界舆论压力而「泄密造谣」，恐已扼杀司法公信力。
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