曾铭宗日前在立法院质询陈吉仲时说，其所担任研究计划主持人的科技部研究案涉嫌抄袭，但陈吉仲对此表示，自己非计划主持人，且有实证模型可以引用，并强调「禁得起考验，别浪费时间」，对自己非常有信心。
但是国民党文传会前主委、桃园市议员参选人凌涛指出，陈吉仲担任《台湾及东亚邻近地区气候变迁下对农业灾害损失及空气污染之社会成本评估》、《研析台湾农业生态系服务最佳化策略-评估台湾农业生态系经济 价值与其政策涵义》这两个科技部研究计划的主持人，就被抓到涉嫌严重抄袭四大来源，涵盖科学人杂志、爱情公寓部落格、硕博士论文网、期刊，简直是「花式剽窃」。
凌涛认为，陈吉仲曾说是自己研究报告的实证模型可以抄袭，但这两个研究计划，光是「文献参考」部分，抄袭比例就分别高达40%与57%。
国民党文传会副主委、台北市议员张斯纲也批评，陈吉仲亲身示范如何用「农委会的钱骗农委会的钱」。他说，陈吉仲于民国94年受农委会资助的研究计划《农民与离农年金给付之实施对台湾农业结构改善之评估》，竟抄袭农委会民国92年资助的期刊《台湾稻米政策调整对稻米市场经济影响之评估》，光是第四章节的抄袭比例就高达77%，分明是「一鱼两吃」、「骗钱达人」。
国民党副发言人杨智伃则表示，陈吉仲说欢迎用最严格的标准检验，今天全民只用最普通的标准检验，陈吉仲几乎用最严格标准检视宏碁案，却用海一样宽的标准审视自己。
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