邱太三今于行政院会记者会上表示，陆委会针对小三通做各项评估，原本规画在清明节办理专案，但４月份上海疫情一起，带来封城、航班减量，8月份中国军演造成双方情势紧张，加上中方经济措施不遵守经贸规则，对台湾造成冲击影响。
邱太三说，本来认为9月可以规画，不过因为中共20大召开，中方希望20大之后再来处理；没想到20大之后，中国疫情再起且爆发白纸运动，导致中国疫情相当程度蔓延开来，引发了金门地区紧张。
他续指，小三通航线是船运，乘客到码头后还要到金门机场，这中间相隔好几公里，不像一般机场中转，就在原位置不会外溢出来，加上还要搭国内航班，从金门回到台湾来，中间班机未必衔接上，乘客可能在金门四处购买贡糖 酒类，这样的风险，金门地区民众认为不应该由他们来承担。
邱太三说明，地方政府、民代都跟陆委会反映，不要让金门承担开放的风险，卫福部、中央流行疫情指挥中心也就此评估金门医疗量能，综合考量后，才做出这个专案决策。
疫情指挥中心指挥官王必胜在记者会中也表示，中国疫情升温，现阶段不适合开放中转。
王必胜指出，台商中转须经过金马，途中旅客可能有发烧、呼吸道症状，甚至确诊必须留置金门等问题，但金门马祖各只有一间医院，金门部分，负压隔离病房4床、加护病房10床、专责病房23间，马祖负压隔离病床2床、加护病房1床、专责病房0床；确诊数量只要稍微增加，就会造成当地医疗负担，衍生后续安置的问题。
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