立法院近期三读通过《行政院组织法》修正案，国民党团批评蔡政府任期只剩一年，匆促组改创造更多政治酬庸职位，政府三级机关首长不再是用人唯才，而是用人唯党，政治凌驾专业，冲击文官体制，吃相难看。
人事总处表示，改组是历经长达10余年沟通过程，因应当前国家发展需要及新环境议题挑战所提出来的，并非急就章；完成立法后，仅10个行政院三级机关首长增加得以「政务任用」，占整体三级机关比率7%，此为应部分机关业务特殊需要及扩大人才遴选范围所为制度化设计，绝非为了政治酬庸。
针对三级机关首长双轨制，人事总处说明，中央行政机关组织基准法2004 年立法制定时，第 18 条已明定三级机关首长除性质特殊且法律有规定得列政务职务外，其余应为「常务职务」；条文历经2010年修法、2012年组改启动，乃至本次组改，无论由哪一政党执政，均没有改变，且三级机关首长的任用方式，仍须订于各该机关组织法律中，获得立法委员多数共识做成决定。
人事总处指，考量产业发展，从企业界或学术界遴选专业人才，以强化政府施政能力，本次组改乃规划将交通部观光署、经济部产业发展署、能源署、中小及新创企业署等4机关首长得为双轨任用。
人事总处说，以目前已经通过的7个得以双轨任用的三级机关来看，仅有内政部空勤总队、海委会海保署及国防部全动署3个机关首长为政务人员，显示政务任用只是选项之一，如系为应业务需要以政务进用，首长须随政策成败而决定去留；如有违失行为，亦得随时予以免职，并无所称分官酬庸问题。
本次组改，经济部国际贸易局改为国际贸易署、能源局改制为能源署，人事总处解释，主要是为强化机关业务政策规划功能，因此依中央行政机关组织基准法体例重新定名又改制前后无论称「署」或「局」，均同为行政院所属三级机关。
人事总处并说明，新设经济部商业发展署，则是考量现行经济部商业司业务量能、组设与人力，均已达相当三级机关规模，随商业型态推陈出新、商业服务的发展辅导需求增加，应有完整的机关组织推动各项工作，因此整并经济部商业司及中部办公室（公司登记业务）成立专责机关，以提升政府行政效率及效能，外界所称借由组改调升组织层级或大幅增设署级行政机关情形，实属误解。
人事总处最后指出，本次是将2012年行政院组改启动迄今长达10余年还未完成的组改工作告一段落，让组改的部会组织法早日完成法制化，才能以更合理完整之组织型态以因应国家发展及政务推动，是负责任政府责无旁贷的作为，与总统任期与选举均无关，请外界勿过度解读。
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