矽谷中小学2002年接受郑姓地主70笔土地捐赠，其中4笔为禁止开发的国土保安用地，另66笔为交通用地，前述70笔土地皆坐落在新竹华城开发计划范围内。
2003年新竹市府审核认定受赠人（矽谷中小学）免课征土地增值税，接续6年（2004～2009）管制检查也维持前述认定；但2010年在受赠土地未有重大使用变化情况下，新竹市府改认定「未按捐赠目的使用」，并向校方补征1亿7711万余元的土增税与2倍罚锾3亿5423万，合计5亿3135万2962元。
监委高涌诚指出，矽谷中小学善意信赖新竹市政府免税行政处分，接受土地赠与移转，行政机关之后检查认定却自相矛盾，标准前后不一，做出的巨额补税裁罚让学校无力负担，最终遭法拍、被迫关闭，有违行政程序法的「诚实信用」及「信赖保护」原则，严重斲伤政府形象与人民信任。
监委进一步举出，新竹市府对学校开罚理由有许多瑕疵，例如校方依「非都市土地开发审议作业规范」未开发4块国土保安地，新竹市府却因树木丛生、闲置未用（未开发为户外教学区）之由认定违规；此外，66笔具公众使用性质的交通用地，新竹市府却指校方将用地供不特定人士通行使用、道路旁有人行步道、划设停车格等情况违规，进行开罚。
矽谷中小学曾提出确认赠与无效之诉讼，新竹地方法院判决认定赠与无效，亦即70笔土地所有权回归给郑姓地主。不过，坐落华城开发计划范畴内的4块不得开发的国土保安地，新竹市府估价却把它跟高价值的「建筑用地」划为同一地价区段，每年核定应纳地价税额都超过百万元，2010年至2022年合计应纳超过5千万地价税。
监委表示，这不仅有悖地价调查估计规则与新竹市实施地价调查估计作业规定，更肇致民众承受不合理之税捐负担，严重损及人民财产权益，明显有「裁量滥用」缺失。针对前述调查结果，监察院将纠正新竹市政府，并函请农委会、财政部检讨改进。
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