邱国正今赴立院陪同阁揆陈建仁备质询，对于国民党立委马文君被爆涉嫌外泄潜舰国造资料一事，他坦言本来潜舰国造是好事一桩，真不晓得会弄成这样，更说黄曙光工作很认真，几位立委的问政也是他们的工作，没想到却弄成这样，他不乐见，希望事情平和发展。
至于郭玺爆料马文君不签保密协议，邱国正则说，机密文件摆在那边，她去看一定会去签名，机密会议与会人会签名，而这个含意是告知这东西要保密，但没有说讲一张纸写保密协定，国防部在开会时，有时候资料摆在那边，要签署保密切结留著，但立法院好像没有这样做，就签名代表。
对于媒体询问官员签订保密协定是否没有约束效果，邱国正则连忙说不是这样讲，国防部开会都会约束到，不能说哪个人讲话不经意、捕风捉影，后面就发展出揣测。对于现在很多民嘴专家的见解，他都予以尊重，也强调不会辩解，但任何一件事情推动，大家都很清楚，只要有保密的都抓得紧紧的，能公开的都公开，没有私下作业问题。
至于是否查到马文君在此案的疑虑？邱国正则直言「没有」，表示马文君很认真在执行此案，但也说去年初的确有交资料给军方，后来军方研判后，有派去跟她说明，说明完之后一样交给法，国防部予以尊重，他并没有猜测，哪一个人好像泄密或冤枉，一切由法律做界定，大家比较公平一点。
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