二读条文指出，立法院为有效行使宪法所赋予之职权，得经院会决议，设调查委员会，或得经委员会之决议，设调查专案小组，对相关议案或与立法委员职权相关之事项行使调查权及调阅权。调查委员会或调查专案小组得要求有关机关就特定议案涉及事项提供参考资料，并得举行听证，要求有关人员出席提供证言及资料、物件。
条文续指，调查委员会之名称、调查事项、目的、方法及成员人数，由院会议决之。调查专案小组之名称、调查事项、目的、 方法及成员人数，由委员会议决之。
第46条则指出，调查委员会或调查专案小组之设立， 均应于立法院会期中为之。但行使调查权及文件调阅权之时间不在此限。调查委员会及调查专案小组于议案调查完毕并提出调查报告、 调阅报告及处理 意见后即行解散，或于该届立法委员任期届满时自动解散。
第46-1条指出，调查委员会之成员，由立法院各党团依其在院会之席次比例推派之，并得视实际情况予以改派。调查专案小组之成员，由各该委员会委员推派之。调查委员会及调查专案小组应置召集委员一人，由所属成员互选之。
第46-2条则是依照民进党版本，条文明订，立法院行使调查权不应逾越调查目的、事项及范围，并应尊重其他机关受宪法机关保障独立行使之职权，及行政首长就特定机密不予公开之行政特权，裁判确定权之诉讼案件就其侦查或审判， 所为之处置及其卷证，立法院不得行使调查权，尚未确定之诉愿事件或其他依法应独立行使职权之机关， 本于职权处理中之案件亦同，调查委员会成立后，其他依法应独立行使职权之机关，处理相关案件时，调查委员会得停止调查。
第47条则指出调查委员会或调查专案小组为行使调查权，得要求政府机关、部队、法人、团体或社会上有关系人员于五日内提供相关文件、资料及档案。但相关文件、资料及档案原本业经司法机关或监察机关先为调取时，应叙明理由，并提供复本。调查委员会或调查专案小组为行使调查权于必要时，得询问相关人员，命其出席为证言，但应于指定期日五日前，通知相关人员于指定地点接受询问。
条文续指，被调阅文件、资料及档案之政府机关、部队、法人、团体或社会上有关系人员在调阅期间，应指派专人将调阅资料送达立法院指定场所，以供参阅，由立法院指派专人负责保管。
第48条则指，政府机关或公务人员违反本法规定，于立法院调阅文件、资料及档案时拒绝、拖延或隐匿不提供者，得经立法院院会之决议，将其移送监察院依法提出纠正、纠举或弹劾。
48条续指，法人、人民团体或社会上有关系人员违反本法规定，于立法院调阅文件、资料及档案时拒绝、拖延或隐匿不提供者，得经立法院院会之决议，处新台币一万元以上十万元以下之罚锾，并得按次处罚至改正为止。前项罚锾处分，受处分者如有不服，得于处分书送达之次日起二个月内，向立法院所在地之行政法院提起行政诉讼。
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