陈时中近期频被质疑在去年为护航高端疫苗，阻挡民间购买进口BNT疫苗，陈时中日前反问「我是疯子吗？为什么要挡疫苗？」而柯文哲在脸书直言，新冠疫情肆虐快3年了，一个有良心的政府，绝对会把老百姓的性命放在第一位，不会有二心或第二句话。
柯文哲指出，去年5月，台湾疫情爆发、疫苗短缺，当时的防疫指挥官陈时中说，因为有人阻挡、「买不到就是买不到」，于是鸿海、慈济、台积电、佛光山等民间团体，开始热心协助政府到国际上采购。
鸿海也向指挥中心提出捐赠BNT的申请，但陈时中一下否认鸿海申请、一下又说一定要「原厂授权书」，使出各种技术性阻挠。
绿营侧翼还加码说，上海复星代理的BNT，是香港人不打、快过期的瑕疵品，要是打了出问题，谁负责？但疫苗总不能只靠友邦零星捐赠，眼看新冠肺炎死亡的人数愈来愈多，各方压力下，月底中央政府才核准慈济、鸿海、台积电共同捐赠1500万剂BNT疫苗，帮助国人撑过危机。
柯文哲说，记得第一批BNT抵台，陈时中还去接机，留下一张照片，左边是台积电慈善基金会董事长张淑芬女士，右边是慈济基金会颜博文执行长，陈时中站中央，指挥中心也在记者会宣布「这是政府民间通力合作」的结果。
但什么叫政府与民间通力合作? 原来是疫苗落地，要先把「复必泰」布条扯掉才能签收，现在又为了护航陈时中，慈济也打成中共同路人，真的不要为了政治利益，在国人之间制造敌人，购买疫苗不该是需要封存30年的机密，更何况真相总有一天会大白。
另针对台北市没有自购疫苗，柯文哲说，因为数度函询、拜会中央，指挥中心说，中央已经「买很多」，地方不要自购，就算买到，也要交给中央统筹分配。几经讨论，北市才决定放弃。
根据2021年11月24日中央回函：卫生福利部疾病管制署已与美国Moderna公司签署2年共3500万剂COVID-19疫的的供应合约，包含2022年至2023年次世代疫苗。眼看秋冬BA.5大流行在即，请问指挥中心，足以抵挡新变种病毒的次世代疫苗在哪里？
