国境10月13日解封，立委赖香伶昨(9/30)在立院质询，问及严重特殊传染性肺炎防治及纾困振兴特别条例期限至明年6月30日，指挥中心是否设置到明年6月底？卫福部长薛瑞元回应「是」，并解释说，因为许多衔接事务是在指挥中心的命令下执行，但国内疫情还没到低点，指挥中心有很多事要做，可能没那么快退场。
指挥中心专家咨询小组召集人张上淳则说，何时开设指挥中心有明确依据，但何时退场，其实没有清楚规定，主要看疫情，现在包括边境解封、阶段性松绑都不是疾管署可处理，还需要其他部会帮忙，指挥中心何时解编比较恰当，还是由指挥中心或行政院去考虑。
张上淳也说，指挥中心解编或降为三级开设，或新冠肺炎改成第四类法定传染病，这都要看这波BA.5疫情下降程度、速度，开放入境检疫0+7对这波高峰下降有何影响仍待观察，指挥中心能否今年底前解编，还没法预估。
不过，前疾管局长苏益仁认为，国境快开放了，且现在新冠确诊个案99.5%是轻症，中重症和死亡率愈来愈低，已成流感化传染病，并不适用第五类法定传染病，恢复常态防疫体系时间已到，日本10月起也只要求高龄及有重症风险者确诊再通报即可。
根据《传染病防治法》，指挥中心三级开设由疾管署署长担任指挥官，二级开设是卫福部长，一级开设是行政院长，苏益仁质疑，现在指挥官是卫福部次长王必胜，指挥中心到底是一级或二级开设？指挥中心定位和法定传染病分类都有问题。
苏益仁指出，陈时中卸任后，指挥中心照常运作，王必胜若离开，疾管署长周志浩也可指挥，指挥中心解散并不影响台湾防疫，当然指挥中心也可不解散，但应降为三级开设，由周志浩担任指挥官。
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