呼吸治疗师自救小组、台大医院工会、北市联医工会、国军高雄总医院左营分院企业工会，及台湾医疗工会联合会等团体今上午共同召开记者会指出，卫福部用来计算津贴日数的紧急医疗管理系统，根本无法正确计算呼吸治疗师照顾的病人日数，即使呼吸治疗师持续多天协助治疗病人，但仅有第一天奖励，第二天以后便被认为「无风险」而无奖励。
工会怒批，卫福部号称每周更新津贴发放细节，实际上根本没有更新资讯，治疗师根本被吃霸王餐却又求助无门，且台大医院曾对内公告，指称「政府发放金额落差太大」，导致无法发放，甚至有台北市知名医学中心明明收治许多重症患者，却被卫福部认定能请领的奖励金额为0，呼吸治疗师如果认为数字不合理 ，也无从进行查证和申诉。
因此，自救小组与工会团体指出，卫福部发放的金额与临床照顾状况明显有落差，必须向基层完整说明，并建立申诉机制及窗口，将合乎奖励条件的清册提供呼吸治疗师确认有无短发，包括各级医院和呼吸照护病房，且现行奖励发放争议，为求符合基层利益，必须召开会议邀请工会来研议正确的作法。
对于工会团体的呼吁，卫福部回应，截至今年11月8日，已核发491家医院奖励费用、医事人员与相关人员津贴及补偿共427.83亿元。其中慰勉呼吸治疗师亲自执行COVID-19病人呼吸器插管、调整、抽痰处置所产生的飞沫感染风险，核发180家医院重症患者照护奖励费用计5.42亿元。
此外，卫福部表示，透过于24小时内完成通报法传系统、紧急医疗管理系统、医院每日上传呼吸器使用情形与健保上传医令码等，比对各医院资料，计算并核发奖励费用，且发放进度定期公告于官网的严重特殊传染性肺炎专区，而医院或相关人员对于津贴及奖励费用发放落差有疑义时，也可透过专区所列各项津贴及奖励费用咨询电话提出申诉。
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