台北市议会曾下但书要求，若共机、共舰持续扰台，不得动支双城论坛预算。然柯文哲仍坚持于7月19日举办双城论坛，议会要求相关经费由市府自行处理。柯文哲妻子陈佩琪也曾秀出柯的薪水存户，要柯自行取用。柯文哲8月出席市政总质询时则回复，主计处已发函询问主计总处，「不会给下任市府制造麻烦，我们再想想看怎么处理。」
然离柯文哲卸任前两周，双城论坛经费仍以公共关系大陆事务费用完成核销，且不只一开始的95万，最后经额为107万9802元，包含双城论坛会务委办费92万6396元、论坛特制悠游卡费3万7500元、防疫口罩费8820元、主视觉设计费8万5680元及行政杂支费2万1406元等。
北市府秘书长陈志铭回应，中央回函由市府权责处理，一切按照程序走。
国民党台北市议员徐巧芯今早受访时批评，已经说好要自己负担就要自己负担，但书由台北市议会共同决议，当时也得到北市府同意才执行，钱还是要自己埋单，不要用全民公款较合适。
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