「小三通」为中国福建省与中华民国金门县、连江县间进行小规模的通商、通航和通邮，可让两地直接往来，新冠肺炎疫情爆发后至今已停航近2年，而近期疫情趋缓且农历春节将至，各界关注小三通是否有望复航，指挥中心也提出两大考量关键，包括中国疫情变化、中国防疫措施变动等，并考量金马地区本身量能。
不过，指挥中心指挥官王必胜日前突然在深夜于脸书发文称，中国官方确诊个案数连续2周下降，最高峰仅3万多人确诊，对于刚从清零大转弯到共存的14亿人口国家，这相当不合理，已颠覆世界对此疾病的认知，短期内很难评估要再进一步做什么交流，而指挥中心发言人庄人祥也说，现在很难评估中国实际疫情。
此外，当指挥中心传出质疑对岸疫情数据不久后，行政院院长苏贞昌也说，中国政府突然对疫情「盖牌」，觉得这不太妙，要更加警惕。
中央接连抛出针对中国疫情的担忧，让小三通上路再现问号，不过国内医师却有不同见解，对于小三通重启， 感染症权威、台大儿科教授黄立民笑说：「当然是能开呀！为什么不能开？」他指出，只要做好防疫因应就没问题，中国疫情、防疫措施变动都不是重点，因为｢全世界的疫情数字可信度都堪忧，一定是低估的」，很多人快筛也不见得通报，目前数字绝对不能反映真实状况。
黄立民强调，中国不强制封控，疫情一定会蔓延，但中国疫情固然重要，但目前境外移入确诊，各国比例没差很多，就看「哪个国家进来的人多」，从这方面来看，而小三通以商业性质为主，虽不清楚实际上能来多少人，但不认为会非常多，且即使开放后疫情超出预期，届时再调整即可。
另王必胜日前赴金门了解当地防疫量能，指挥中心指出，部立金门医院目前共设有32床(含负压隔离病房4床)，收治住院对象主要为中重症确诊患者，及因其他疾病经医师评估有住院治疗必要的确诊者，若有需要，最大收治量能可达52床。
对此黄立民指出，现有的32床量能是否足够，就看怎么处理确诊者，既然当地医疗资源相对紧绷，非必要就不让病人留在金门，从中国来的就回大陆，从台湾过去就返台，当地只留少数不太能移动的患者。
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