新冠疫苗接种后不良事件通报，莫德纳BA.1次世代疫苗自9月24日开打至今，累计通报12例死亡，薛瑞元说明，死亡原因是否与疫苗接种相关仍待进一步鉴定，若以心包膜炎或心肌炎引起的死亡，其实没有。
此外，薛瑞元也意外自爆有自体免疫疾病家族史，「我不怕讲出来」，郭董说他母亲想打BNT次世代疫苗却没货可打，而他打了4剂高端疫苗，原因是他有免疫疾病，抗核抗体(ANA)检测阳性，为避免接种疫苗可能引发自体免疫疾病，所以才选择高端。
然而，目前高端疫苗已经不再生产，薛瑞元坦言，如果继续打，势必要转换疫苗，可能选择NOVAVAX，它也是相对安全的次单位蛋白疫苗，「转换疫苗未必是危险的」，原先BNT疫苗接种者改打莫德纳次世代，不见得比他转换风险更大。
薛瑞元表示，每人有选择疫苗的原因，但也要做整体考量，不会基于个人因素而去要求政府，比方说要求高端疫苗继续制造，「没有，高端疫苗已经停产」。
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