2018年马偕医院时任总院长施寿全考量年龄因素而卸任，该年9月20日，马偕医院董事会经过3轮投票，选出张文瀚担任新任总院长、没想到隔月，长老教会总会召开临时会，以张文瀚与前董事长刘伯恩的争议有关，否决张文瀚的人事案。
当时张文瀚为了自清，除了向法院提起民事诉讼，更以「宁愿烧尽～不愿锈坏～」为题，向马偕、长老教会发出声明。不过最后仍由一般外科资深主治医师刘建良接任第20届马偕医院总院长。
马偕纪念医院今日上午举行第21任总院院长授职暨就任感恩礼拜。新任总院长张文瀚在马偕医院董事长萧聪颖牧师监交下，自前总院长刘建良手中接下印信，誓言以最大的努力与谦卑的态度，接续带领马偕医疗体系迎接崭新时代的重责大任，任期自2023年5月31日至2027年5月30日止。
张文瀚为急诊医学部资深主治医师，坚守急诊医疗第一线长达30年，曾担任急诊医学部主任、总院副院长，致力于提升紧急医疗、积极引进尖端技术、发展生物科技应用、开展智慧医疗领域，同时强化教学品质及培育急救医学专业人才。
马偕医院董事周恬弘长老介绍，张文瀚成长于台南教师家庭，夫人是台安医院的复健科医师，两人携手30多年鹣鲽情深，两个孩子看到父母的好榜样，自高中起便自愿选择医学作为职志，目前都已经在临床服务或见习。
张文瀚除了医疗临床服务，也在三间大专院校兼任教授，周恬弘指出，张文瀚已发表180篇左右的研究论文，2022年9月史丹佛大学公布「全球前2%顶尖科学家」，他与其他5位马偕院校同仁一起入榜。张文瀚取得的发明专利包含「可移动式隔离设备」、「生物感染应变系统」、「用以侦测血氧浓度或脑血肿之装置及方法」。
张文瀚于2017年在院内成立精准医疗中心，启动医院生技发展的新领域，并将智能科技运用于临床和医院管理，包括医材与高贵仪器的侦测管理，提高妥善率与使用率，带动马偕医院在内外环境变动的新机会与挑战中不断地往前进步。
张文瀚在就任演说表示，未来他将以仆人精神，面对医疗环境与社会的丕变，用创新的思维结合新科技，提升自我优势竞争力，持续为病人提供适切需求的医疗。他也提出医院幸福公式，总幸福指数是在先天优良遗传本质、后天塑造安全可爱的环境、愿意服侍心理素质等三项加总而来的整体表现
张文瀚形容：「人生最重要的事情不是你所得到的，而是你所给予的」，要将医院视为一个幸福的大家庭，才能彼此爱护、互相包容、相互成就，如此才能真心关怀病人。
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