现行清冠一号公费使用对象包括，轻症确诊者须有重症风险因子才适用，包括65岁以上长者、12到64岁且BMI≧30、糖尿病、慢性肾病、心血管疾病、慢性肺病、结核病、慢性肝病、失能、失智症、吸烟、免疫功能等疾病者，控制不良高血压者、出血性／消化性溃疡、精神疾病患者、产妇等。
若不具重症风险因子，有3种中医急迫病势也纳入公费对象，包括：1、高烧39度C以上持续2天；2、咳嗽明显，兼具喘症；3、咽痛严重，饮食困难。
清冠一号自费价格每盒约1500-1800元，薛瑞元表示，「严重特殊传染性肺炎防治及纾困振兴特别条例」于今年6月30日施行期满，7月1日起没有特别预算可公费补助清冠一号，也没有其他预算可支应。
清冠一号紧急使用授权已经延长到明年6月，主要希望给厂商时间进行临床试验，申请正式药证。目前顺天堂和天一有意愿申请正式药证，中医药司将分别补助2家药商300万、250万元，协助通过临床三期试验。薛瑞元表示，已要求2家药商尽快提出临床试验计划，临床试验所需的清冠一号可以公费提供。
中医药司司长黄怡超说，现在补助案已经签约了，药商需要分别向林口长庚和中国附医人体试验委员会(IRB)申请临床试验，通过后可以开始收案，我们也会发函请执行医院的IRB能够尽快审查。药品查验中心已跟厂商讨论过预计收案人数，暂无法透露。
黄怡超表示，希望今年底前完成收案，三期临床试验结果文件审查希望在明年6月30日EUA到期之前明朗化，取得正式药证。
外界担心，清冠一号没有公费补助后，加上明年6月之后得有正式药证才能制造、贩售，药厂认为利润不多，可能让国内更难买到清冠一号。中医师公会全联会理事长詹永兆指出，清冠一号在国外归类为「健康食品」，不必申请正式药证且可以在网路上贩售，亚马逊电商平台上卖得不错，未来恐怕国外比台湾还容易买到。
薛瑞元提醒，民众若在国外电商平台订购清冠一号寄送台湾，因为清冠一号在台湾被归类药物，没有药品输入许可证，违规输入的话，可依违反《药事法》开罚。
《药事法》第22条：「未经核准擅自输入之药品视为禁药」。第82条：「制造或输入伪药或禁药者，处十年以下有期徒刑，得并科新台币一亿元以下罚金。」
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