本土新冠第五波疫情正处高原期，根据疾管署统计，1/23-1/29新增546例COVID-19本土确定病例(并发症)，虽然较前一周(1/16-1/22)新增615例下降，不过新增64例死亡病例，创下近5个月新高。
流感疫情同样在高原期，疾管署表示，今(2024)年第4周(1/21-1/27)门急诊类流感就诊人次为114,754人次，高于过去三年同期，且为十年同期第三高，须持续观察寒流后疫情变化趋势；多项监测系统显示近期流感病毒、新冠病毒及腺病毒等多种呼吸道病原体持续于社区活动，其中流感病毒以A型H3N2为主。
「免疫负债」意思是过去3年新冠疫情期间，因为戴口罩、勤洗手和保持社交距离的措施，让流感等其他病毒传播机会大幅降低，民众对其他病毒的抵抗力不足，随著防疫措施松绑，多数场所不再强制戴口罩，让许多病毒又开始流行。
「预期2024年仍是多种病毒同时流行的一年」，林口长庚副院长邱政洵表示，原本预估免疫负债大概一年就会趋缓，但现在看来多种病毒同时流行的状况仍看不到尽头，现在主要是新冠病毒、流感、腺病毒，偶尔副流感，加上冬春季节有利于病毒传播，看看夏天能否真的缓下来。
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邱政洵说，免疫负债仍未趋缓原因一是新冠病毒持续变异，目前JN.1变异株成为主流，呼吁XBB疫苗该打就打，其次，新冠病毒感染后改变免疫系统，导致容易被其他病毒或细菌侵入，第三，社区对其他病毒(新冠以外)的群体免疫还没达到饱和度，种种原因恐怕免疫负债得加倍奉还。
邱政洵指出，多病毒流行时可能混和感染加重病情，新冠加流感或腺病毒，流感加腺病毒、肺炎链球菌或霉浆菌，各种排列组合都有可能，混和感染的病人容易严重肺炎，高龄且有共病、免疫低下者要特别小心。
疾病管制署最新统计，新冠XBB疫苗从2023年9月底开打迄今已累计接种158.4万人次。台大小儿感染科医师、台湾病毒暨疫苗学会理事长黄立民直言，目前XBB疫苗接种率只达到6%左右，目标是10%，实在是太低了。
黄立民表示，事实上新冠肺炎疫情比较严重，绝对不要以为流感比较严重，流感已经流行7、8个月，2月底之后就会慢慢下降，相反地，新冠病毒持续变异逃脱，所以会一直流行带来威胁。流感疫苗一年只能打一次，现在能够补强的还是新冠疫苗，如果最近6个月内没有打过XBB疫苗，建议接种。
新冠病毒会改变免疫系统，又被称为「免疫窃取」，小儿科医师、中华民国基层医疗协会常务理事詹前俊指出，近来许多病人抱怨确诊新冠肺炎过后，喘咳很厉害、咳很久，进一步检查发现六到七成有气喘情形，可能以前就有过敏体质但没那么显性，确诊过后体质改变诱发过敏体质，病人不清楚就一直当作长新冠，所幸针对气喘对症下药后症状明显改善。
新冠疫情也改变了很多疾病的流行周期，邱政洵指出，新冠疫情之前，霉浆菌每隔3-4年会大流行一次，像是前阵子霉浆菌在中国大流行，疫情严重，原本担心台湾也会大流行，但根据观察，因为国人开始警觉，口罩戴得好，加上霉浆菌是细菌，传播力不如病毒强，台湾霉浆菌疫情没有明显增加。
近期国内疫情已转以JN.1为主流新冠病毒株，根据疾管署近四周变异株监测总计，本土检出病毒株以JN.1 (52%)为多，其次为EG.5 (35%)及XBB.1.5 (7%)等；境外检出病毒株以JN.1 (78%)为多，其次为EG.5 (13%)及BA.2.86 (7%)等。
根据美国疾管局(CDC)2月1日发表最新研究指出，18岁以上成人接种新冠XBB疫苗可有效提升对抗JN.1之免疫保护力，对JN.1轻症保护效益可达五成(49%)。
因农历春节将近，人群聚集及移动频率增加，病毒传播风险仍高，而且自新冠XBB疫苗开打以来，本土通报确诊并发症及死亡病例中未曾接种新冠XBB疫苗者分别占98%及99%。因此，疾管署提醒，尚未接种新冠XBB疫苗的民众，尽速于春节前完成接种，强化对抗新冠JN.1保护力。
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