针对最近的人头公司风波，自8月9日起，陈佩琪在7天内已发表了三次声明，但每次的说法都不一致。她一开始在脸书透露，因为公务员身份无法担任公司负责人，因此以儿子的名义成立公司。由于她仍在联合医院担任医生，这一行为立即引来外界质疑她可能违法设立人头公司。然而，这一说法与柯文哲先前在受访时提到的「父母疼爱孩子，帮孩子设公司」的说法完全对不上。
在8月21日的考绩会上，陈佩琪亲自出席，但在面对媒体时选择不做回应。由于上次考绩会因资料不足而延期，外界的质疑声浪依然不断。
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今天台北市联合医院再度发出声明，表示针对外界关心陈佩琪医师是否兼职经营商业活动一事，医院对员工的家属没有权力进行约束或处分。由于医院的行政调查权有限，因此决定等到侦查结果出来后再做进一步讨论。如果没有司法调查，医院将会依法处理相关事宜。
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