文化、真理、佛光、大叶4所大学未确实将繁星、申请缺额回流到分发入学，其中以真理大学未回流432名最多、佛光276名、文大93名、大叶69名，教育部表示4校都将受到惩处。
高教工会理事长周平日前表示，何卓飞被点名是「私校门神」，他曾任高教司长等职务，担任管理高教事务主管，竟亲身示范取巧，知法犯法，犯下最不该犯的错误。
对此，何卓飞今强调，佛大绝对正派办学，这起争议虽源于对招生程序的误解，但仍有违法规，检讨报告已回函教育部，他已向董事会请辞负责，副校长蓝顺德与招生长王宏升则遭调职处分。
佛大发出声明表示，因应少子化，校方111学年起就办学规模进行调整，做为调整报核教育部的招生名额。校方在招生作法上的不完善，造成教育部对佛大回报上的误解，昨以公文回应教育部，并整理检讨报告书。佛大绝非如外界传言欺瞒教育部及社会大众。
校方表示，每年回流名额的决议是经过与学系讨论，并经学校招生委员会讨论决议；而校内对于填报作业程序适用法规的认知落差，造成在该报核招生人数时与法规有违的状况，并非刻意压低分发入学回流的名额。校方允诺，未来将强化内控措施，并建置各阶段填报作业的查核机制，以维护各项作业精确无误。
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