大同医院工会指出，去年初长庚接手大同时，因高雄市政府与长庚集团始终无法提出白纸黑字的书面承诺，保障留任人员的工作权与劳动权益，导致大同医院在短时间内流失超过八成以上原有员工（保守估计约800至900人），实际留任者仅不到200人。
长庚陆续从体系内其他医院调派人员支援，大同医院医护人力仍长期严重不足。去年年中市议员汤咏瑜即曾公开质疑，长庚接手后，大同医院夜间医护人力大幅下降，医师人力几乎减半，夜间门诊及周六门诊量能皆未达原有水准，民众抱怨不断，直言「长庚接手后完全不行」。
高雄市卫生局表示，长庚医院依合约保障员工权益，已为员工每月加薪5千元，该津贴纳入年终奖金及退休金计算，全年实质增薪超过7万元。该院为提升医疗品质，首年添购医疗设备致未达盈余，无法分红，经卫生局协调，院方已公告1月下旬加发特别奖金，照顾留任员工。
卫生局指出，大同医院移转后医疗品质显著提升，该院去年4月通过卫福部健保署专家访视，维持区域医院保险给付等级；同年9月也完成卫福部区域医院与教学医院评鉴，以及紧急医疗能力评定中度级（不含高危险妊娠与新生儿）与重度级急性冠心症评定，有效稳定医疗品质与提升紧急医疗能力。重症医疗部分，已增设24小时儿科专科医师急诊及叶克膜、急性冠心症治疗、急性脑中风处置医疗团队，一年抢救逾百位紧急心脏疾病市民及近400名检伤一、二级病况严重儿童生命，提升区域性急重症医疗服务能力。
此外，首年门诊服务达25万8,934人次，急诊服务4万4,350人次，住院服务5万9,512人日。针对弱势就医，大同医院提供70岁以上长者就医免收门、急诊挂号费，以及低收入户与身心障碍者门、急诊就医全免挂号费，以及部分负担补助。总计去年全年补助70岁以上长者共9万4,162人次，补助低收入户与身心障碍者共8万8,162人次，全面照顾在地的长辈及广大弱势族群。
卫生局表示，依合约留任员工的工资、年终奖金及红利盈余奖金皆依照原高医制度，惟市府为关怀留任员工权益，自去（114）年12月31日起与105位留任员工关怀访谈，逐一了解其对于薪资结构、福利待遇及相关劳动条件意见，以为后续督导院方改善重要依据，针对盈余红利奖金未能发放，卫生局访谈并逐一录案调查，面对留任员工受限合约依原有盈余分红制度，但今年医院未有盈余而未能领取分红奖金，卫生局积极协调院方，7日公告将加发特别奖金，照顾留任同仁。
长庚医院回应，自承接大同医院后即导入各项长庚管理制度与系统，并透过单位辅导与教育训练，相关管理措施皆为让留任、调任及新进同仁从临床照护、医院安全管理至行政作业等，能有长庚体系一致性的照护品质与提升，提供市民优质照护服务；营运迄今服务量持续稳定成长，且相关作业均合法合规，并在卫生局监督下依合作计划契约确实执行。
对于外部工会及大同工会指控「不到一年离职人数已破百人」、「人力几乎减半」、「医疗崩坏」及「医疗品质下降」等，经查相关上述指述内容毫无事实依据，除严重损害医院名誉，并抹杀全院同仁一年多来之努力及付出，针对抹黑造谣者将保留法律追诉权。
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