为配合西九州新干线的开通，长崎车站于2020/3/28全面高架化，相关服务也移转到全新的长崎车站大楼，新的长崎车站为第五代长崎车站，设计规划将当地的山海特色景观融入视野内，从月台就能眺望到开港已有450年历史的长崎港以及姿态优美的女神大桥。此外，由于长崎站为始发站，这里还能拍摄到列车并列的正面照片，是铁道迷不能错过的角度。
另外，长崎车站及其周围也陆续有新设施进驻，包括2021年11月落成的「出岛MESSE长崎」，是长崎首座大型展览会场。位于出岛MESSE长崎旁的「长崎希尔顿饭店」于2021年11月开幕后，2024年初还有位于新长崎站大楼高楼层的「长崎万豪酒店」即将落成。
长崎站内还有今年3月全新开幕的「长崎街道海鸥市场」，里面网罗了长崎的各种特产，以游客最爱的伴手礼店跟餐厅为中心，一共有54间店铺，是旅客逛街采买绝对不能错过的地点之一。
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