余正煌的律师张祐齐在提告前受访说，余男因为职业关系(调查官)不便面对媒体，论文事件在政治上或许已经终结，但在法律上、清白上并没有完整说明，林智坚至今也没有承认抄袭，「所以我们只能提告，保障余先生的权益，并无政治考量」、「选择自诉是因为事证明确，有台大学伦会的报告，也有我们自行比对2本论文的结果，所以就跳过检方侦查阶段，提起自诉」。
律师说明提自诉原因
余正煌的另名律师吴俊达则说，林智坚到目前为止都没有为抄袭之事道歉、说明或回应，甚至陈时奋(笔名翁达瑞)到现在还一口咬定余正煌是理亏的、林智坚没有任何的错，所以有必要透过自诉，由法院还给余男公道与清白。
此外，吴俊达说：「为什么要提自诉，很简单，目前是选举期间，我们无意给地检署制造过多压力，让检察官去处理这个可能有政治意涵的案件，因此决定透过公开法庭审理，一一检视相关事证，除了向台大调阅资料，也不排除传讯证人，包括从头到尾力挺林智坚的郑运鹏等人，请他们到法庭说明，为何至今坚信林智坚没有抄袭论文，也透过对质，让林智坚到法庭说清楚，他这本论文当时是怎么生成的，是否参考了余正煌论文的内容。」
至于林智坚先前主张余正煌在论文中有引用他的民调资料，吴俊达表示：「不能说我向你借酱油卤了一锅猪脚，你就说整锅猪脚是你的。」另外，媒体问到是否将向林智坚求偿、控告妨害名誉，吴俊达表示都在考量中。
台大调查论文疑云期间，3度邀请林智坚和指导教授陈明通出席，另请余正煌出席2次，但林智坚和陈明通都没现身，只有余正煌出席1次说明，台大审定委员会日前认定林智坚论文的摘要第一、第三、第四章及结论都大幅度抄袭余男的论文，甚至连英文错字都一模一样，不符学术伦理要求。
林智坚的台大国发所硕士学位随即被撤销，他也灰头土脸宣布退出桃园市长选举，但风波并未就此平息，林男的中华大学硕士论文也遭检举抄袭，中华大学审议后，8月24公布调查结果，认定林男抄袭，并撤销他的中华大学硕士在职专班学位。
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