更一审判决指出，蔡英文博士论文存不存在，与彭文正在法律上没有利益关系，虽然彭文正因为质疑论文之事被蔡英文控告诽谤，但彭男是否触犯诽谤罪，应由检察官、刑事法院认定事实，换句话说，彭文正于本案提起「确认论文不存在」的民事诉讼，不论判决结果为何，都不影响他是否构成诽谤罪，在法律上与彭文正没有利益关系。
此外，台北地院开记者会说明时表示，蔡英文取得博士学位的历程，与卷内提出的证据相符，其中LSE于1984年2月8日寄发正式通知书，记载蔡英文论文题目、专业领域及通过博士学位考试，蔡并获颁伦敦大学LSE博士学位。且伦敦大学、英国资讯专员办公室也一致表明，蔡英文于1984年2月经2位口试委员审查其论文后，获颁LSE博士学位。
至于蔡的律师连元龙提供散装的论文被质疑是假，北院认为，呈现方式与正式论文装订成册的样式确实不相符，但从泛黄的纸张可见岁月痕迹，应该是年代久远的旧物，虽然难认是蔡英文提交给校方审核的合格论文，但仍可确信是她在1983年制作的原稿。
北院进一步说明，蔡英文虽然没能提出1984年由LSE审核通过的论文消除争议，但她确实有获颁博士学位，纵使英国伦敦政经学院、伦敦大学总院图书馆、高等法律研究院图书馆都没有收藏蔡英文的论文，但那是图书馆保存的问题，无法以此推论蔡英文是否有缴交论文，也不能将此问题归咎于蔡，也无从做出有利于彭文正的判决。
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