花莲地检主任署检察官蔡胜浩表示，台铁公司是应家属要求，进入大清水隧道内，进行疑似被害人遗骨与遗物的清理作业时，在2月27日由台铁公司花莲工务段会同家属进入大清水隧道内寻找，发现疑似被害人遗骨2件及部分的遗物。
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随即由花莲县警察局、铁路警察局花莲分局报请地检署，由检察官王怡仁前往相验，并将疑似被害人遗骨送往法医研究所鉴识比对，经确认为0402事件被害人遗骨，后续为了全面清查大清水隧道内，是否还有疑似被害人遗骨跟遗物，在3月14日上午由检察长召集台铁公司、铁路警察局花莲分局及花莲县警察局各单位研讨后续隧道内清查作业。
3月20日凌晨，由王怡仁检察官与花莲县警察局、铁路警察局花莲分局、台铁公司及部分的家属，进入大清水隧道内，进一步详细检视及清理。该日凌晨完成清查作业后，现场发现疑似被害人遗骨共35件，遗留物14件，检察官为求慎重，将遗骨送往法医研究所鉴识。
经鉴识比对结果有25件检出被害人身分，经比对后与11名被害人罹难者身分相符，部分遗骨因为萃取DNA鉴验后已经用罄，目前可供发还的遗骨合计共有8件，分别为6名罹难者所有，为尊重被害人家属，分别于4月18日、26日召集台铁公司及犯保协会花莲分会，以及地检署共同召开会议，研拟后续如何完成发还作业。
5月7日由台铁公司及犯保花莲分会，逐一通知被害人家属，并告知鉴识结果，在尊重被害家属意愿及便利被害人家属的前提下，协商后续的相关发还作业。根据昨天与被害人家属联系的结果，目前有3位家属选择亲领被害人遗骨与鉴定书，至于如何领取及领取的细节，后续还在跟被害人家属讨论，若没有办法亲领的家属，地检署会用邮寄的方式发还家属。
检方说，经跟台铁公司讨论以及家属的意见，目前在大清水隧道内的清理作业目前已经完成，那至于有没有后续，会以这个尊重被害人家属的前提之下，依照台铁公司安排，如果有任何发现，检方也会尽全力配合。
有部分家属反应，是不是可能还有被害人遗骨或遗物留存，由台铁公司与家属研拟是否清查，因为前阵子发生地震，顾及人员安全，留待台铁与家属讨论。去年发生车厢内有遗骨的事件，各单位检讨，后续若遇到类似案件搜证与清理作业流程，会依照行政院会议颁布的原则，要求督导相关单位等，现场勘查时，务必详细确认现场没有其他证物或遗骨。
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