是民进党内中国通 也是绿营御用教授
陈明通过去两度担任陆委会主委，堪称民进党内的「中国通」，尤其2019年中共总书记习近平提出「一国两制台湾方案」，当天蔡英文立即以强硬态度回击，扭转九合一大选惨败氛围，背后不乏可见陈明通施力痕迹。
除了是民进党的中国通外，陈明通更是不少绿营政治人物的老师，包括桃园市前市长郑文灿、屏东县前县长潘孟安、陆委会副主委邱垂正、立委高嘉瑜、郭国文、沈发惠、邱志伟等，都是他的学生，可以堪称绿营内的御用教授。
任陆委会主委期间 曾失言道歉
然而，陈明通虽然通中国事，但争议言论不少。在他回任陆委会主委期间，先是2019年在广播节目上表示，拚经济也要捍卫主权，更说出「如果只求温饱，和猪狗禽兽有什么差别？」被外界揣测是暗讽赴中国大力推广高雄农渔产品的时任高雄市长韩国瑜，为此陈明通还一度出面道歉，坦言「措辞不是很恰当」。
之后新冠肺炎肆虐，当时陈明通以「小明的故事」比喻，基于人道考量开放中配子女来台，引发国人怒火，更遭到时任卫福部长陈时中撤回决定，表示「当初已选择国籍，就要自己承担」，直接打脸陆委会，也让陈明通脸上无光，处境尴尬。
论文抄袭重伤民进党 陈明通仍力挺学生
但杀伤力最重的，恐怕还是去年选前的林智坚论文案。去年7月5日，国民党北市议员王鸿薇踢爆林智坚中华大学硕士论文抄袭后，当天媒体人黄扬明也加码爆料，林智坚在台大国发所的论文抄袭同学余正煌，而陈明通正是林在台大的指导教授。
不过第一时间，陈明通挺身捍卫学生，表示是余正煌拿林智坚的资料写论文，问卷原始设计者是林和竞选团队，怎么写也是他先指导林智坚，只是因余比林先毕业，才被外界误解林抄袭；但争议并未因此结束，过了三周，陈明通又再度发声明，强调他先修正林智坚的论文，再给余正煌参考，至于被质疑论文雷同的地方，都是先在林的研究计划中就出现。
只是即便陈明通力挺林智坚，但台大学伦会审议认定林智坚论文抄袭且情节严重，8月9日召开记者会宣布撤销林智坚的硕士学位，当时投入桃园市长选战的林智坚，也因此在3天后，黯然宣布退出选战。
转趋低调仍没用 陈明通屡遭逼问
之后陈明通转趋低调，没想到9月份被爆出访泰行踪遭到掌握，连入境照片、下榻饭店等资讯全在网路上公布，让国安局颜面扫地；10月6日，事件爆发后他首度到立院外交国防委员会备询，面对面对立委犀利质询要不要和余正煌道歉，他竟回称，「陈局长不回复陈教授问题」。
但这样的回答无法让外界接受，11月24日，九合一大选前两天，陈明通面对这些日子以来的质疑，终于松口谈林智坚论文抄袭案，只是他依旧相信学生，强调「林智坚没有抄袭」，他已准备非常充分的证据，会完完整整的正呈，强调台大收到资料后必须认真考虑，更大声疾呼「有一天看到这些证据以后，大家可以来检验」」。
败选沦检讨对象 陈明通黯然下台
陈明通虽力挺林智坚到底，但选民不埋单，最终换来民进党大败，一个月后，民进党选战检讨小组召集人郑文灿召开记者会，直指林智坚论文抄袭事件无法即时止血，影响其他县市的选情，但更为讽刺的是，郑文灿于当月初也因论文抄袭被撤销学位，而他恰巧也是陈明通的学生，短短数月内，一位局长，两个政治明星，都因论文抄袭染上污点。
由于林智坚始终不认抄袭，调查官余正煌提起自诉，控告林违反《著作权法》，但就在今年1月开庭前一日，陈明通先是在立院表态强调「林智坚的案子是冤案」，开庭隔天，陈明通再杠上学生余政煌，表示委任律师的言论与事实不符「所谓林智坚抄袭余正煌论文，完全不是事实」。
可惜即便陈明通如何为林智坚抱屈，论文抄袭案却是越陷越深，剪不断，理还乱，外界对于他能否继续执掌国安局的质疑声浪也越来越大，更屡屡遭在野党批评「陈明通应该第一个下台」，就在蔡英文将召开新任阁揆记者会前，人称「阿通师」的陈局长，最终还是败在陈教授的问题上，黯然下台。
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