行政院日前针对立法院三读通过的《立法院职权行使法》、《刑法》提出覆议案，并提出7大原因，首先是没有实质讨论、过程有瑕疵，违反民主原则；混淆双首长制，质询总统违宪；无差别调查民众，听证范围过广；漠视法律正当程序，违反程序正义；无期限审查人事同意权，空转政府重要职缺；「藐视国会」定义不明，恣意扩大立院职权；「怀疑」官员虚伪陈述，即可课以刑责。
针对覆议的最新进度，以及立法院是否会在6/18日处理覆议案，行政院长卓荣泰今天于立法院受访表示，相信总统一定是在很审慎的检视行政院所送的咨文中，所罗列的所有覆议理由与内容，一定会在适当时间做出决定。到目前为止，行政院还没有接收到总统府的相关来文，一旦进入到程序，只有完全依照程序，正正当当、自自然然的去面对覆议案。
卓荣泰提到，至于其他的活动，包括党务他不便多说，但要顾虑到整件事情发生的过程，以及到现在民意的反应；至于立法院程序，「我当然完全尊重立法院所做的任何决定，我也希望有机会、有时间能向委员们更清楚表达行政院的立场」，两院再度启动宪政秩序的互动，这也是国人所愿意看到的。
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