（一） 职权行使法第15条之4（听取总统国情报告部分）
三读通过条文：「立法委员于总统国情报告完毕后，得就报告不明了处，提出『口头或书面问题』。『立法委员进行前项口头提问时，总统应依序即时回答』；其发言时间、人数、顺序、政党比例等事项，由党团协商决定。『就立法委员第一项之书面问题，总统应于七日内以书面回复。但事项牵涉过广者，得延长五日』。」
根据宪法第4条之3「立法院于每年集会时，『得』听取总统国情报告。」，而立法院在宪法未有明文规定下，课予总统义务，要求其『应』即时或限期回应立法委员之口头或书面提问，产生立院职权扩张而有违反权力分立原则之违宪疑义。若总统在此情况下至立院进行国情报告，恐怕会造成总统是否须履行本条文所课义务之宪政疑义，甚至引发朝野冲突，民主宪政运作之极重要公益将因此遭受难以回复之重大损害。
（二） 职权行使法第25条（听取报告与质询部分）
依据本条各项规定，立委对行政院院长及所属各部会首长行使质询权时，被质询人应对立法委员履行之各种具体『法律上义务』规定，并以裁处罚锾作为促使义务履行之强制手段，有违反宪法责任政治原则之疑虑，并有破坏宪法机关权力分立原则之疑虑，引发行政立法冲突。
（三）职权行使法第29条之1第3项、第30条第3项、第30条之1第1项及第2项（人事同意权之行使部分）
以上条文影响除总统依宪法相关规定，就司法院、考试院与监察院等宪法机关及审计长所享有之人事提名权，及总统或行政院院长就相关法律所定人事提名权之有效行使外，其规定内容亦足可牵制相关宪法机关、特定行政机关或职务之适时组成及其有效运作。且影响行使人事提名权、同意权与该人事所属宪法机关相互间之权限关系。
（四） 职权行使法第45条、第46条之2第3项、第47条、第48条第2项及第59条之1第1项关于调查委员会与调查专案小组部分（调查权之行使部分）
有关立法院调查权行使，包括要求提供资料、调阅文件及命相关人员为证言与接受询问等之规定，均为立法院在未有宪法明文下，于规范自身职权行使之法律中所创设。包含相关义务人依调查委员会或调查专案小组之要求，被迫履行『义务』，相关文件、资料、档案、证言与陈述内容等所包括之重要资讯或秘密一旦被迫提供或揭露，将造成不可逆之损害。
并且根据与释字第325、585 及 729 号等解释，上开条文所生违宪疑义可能会进一步引发立法院与其他宪法机关间之权限与功能分配、宪法职权行使之竞合等宪法权力分立与制衡之宪政争议。
释字第325号(撷取部分段落)：「惟宪法之五院体制并未改变，原属于监察院职权中之弹劾、纠举、纠正权及为行使此等职权，依宪法第九十五条、第九十六条具有之调查权，宪法增修条文亦未修改，此项调查权仍应专由监察院行使。」
释字第585号(撷取部分段落)：「立法院调查权乃立法院行使其宪法职权所必要之辅助性权力，基于权力分立与制衡原则，立法院调查权所得调查之对象或事项，并非毫无限制。」
释字第729号(撷取部分段落)：「检察机关代表国家进行犯罪之侦查与追诉，基于权力分立与制衡原则，且为保障检察机关独立行使职权，对于侦查中之案件，立法院自不得向其调阅相关卷证。立法院向检察机关调阅已侦查终结而不起诉处分确定或未经起诉而以其他方式结案之案件卷证，须基于目的与范围均属明确之特定议案，并与其行使宪法上职权有重大关联，且非属法律所禁止者为限。如因调阅而有妨害另案侦查之虞，检察机关得延至该另案侦查终结后，再行提供调阅之卷证资料。」
（五） 职权行使法第59条之3第2项、第59条之5第2项、第4项、第5项及第6项（听证会之举行部分）
上开规定适用于「社会上有关系人员」部分，于委员会举行听证会时，明文课予受邀之社会上有关系人员，无正当理由不得缺席、拒绝表达意见、拒绝证言等「法律上义务」，是否逾越宪法第67条第2项规定之规范意涵，已非无疑。且上开规定对人民课予提供资料之义务，「并未设定资料范围」、得拒绝提供资料之正当事由，及发生争议时之纷争解决机制等之规定，存有违宪疑义。
此外，对受邀出席人员，尤其是不具公职身分之社会人士而言，将因上开规定所课予之强行性义务，而有被迫违反自身意愿出席听证会、表达意见、提供证言与资料之极大风险，亦足以对其宪法上权利造成无可回复之重大损害。
（六） 刑法第141条之1规定部分（藐视国会罪部分）
本犯罪之构成，应系配合职权行使法第25条第2项、第 9项及第59条之5第5项规定所为刑罚规定。考量上开刑罚前提所在之规定均已暂停适用，本条刑罚规定如不暂停适用，则因任何人均得为犯罪之告发，检察机关即应依法处理，从而被告发人将因本条规定而受犯罪追诉，致蒙受难以回复之程序性重大不利益。
