《冲绳时报》报导，乐桃航空在日本时间中午12时30分宣布，因应台湾发生强震，取消3日往返冲绳县那霸机场与石垣机场的14架次国内线航班，估计影响旅客2367人。从关西机场出发前往那霸机场，以及关西机场前往石垣机场的4架次航班，也在出发后返航。
全日空取消上午11时10分从冲绳县那霸机场前往东京羽田机场的航班，以及飞往福冈机场等13架次航班，其中7架次出发后返航，还有1架改降福冈机场。
日航集团共取消32架次国内线航班，影响5283名旅客。天马航空取消14架次航班，影响1860人。
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