指挥中心成立已超过2年，仍保持每天进行记者会公布疫情的步调，至今疫情逐渐趋缓，指挥中心指挥官王必胜曾表示，指挥中心年底前不会解散，但发言人庄人祥昨天表示，内部目前倾向于调整疫情记者会频率、今天将由指挥官宣布讨论结果。
对于指挥中心的去留，台大小儿部专任主治医师黄立民表示，现在主要问题包括「新冠肺炎什么时候改为第4类法定传染病」，以及「指挥中心何时降级、回到疾管署层次」，而这两件事现在都已经可以开始考虑、只差什么时候要做。
黄立民认为，指挥中心降级与法定传染病等级调整两件事不一定要同时进行，可以择一先宣布、中间隔2周、4周评估后再走下一步，其中指挥中心降级的过程是为了让大家有心理准备，因此并不建议直接宣布解散，现在最怕的就是流感大流行跟新冠搅在一起。
针对年底流感疫情，黄立民提到，年底比较担忧的是流感、呼吸道融合病毒等传染病跟著新冠肺炎一起流行，指挥中心存在有一定的帮助，毕竟放比较多资源跟力气，但问题是「投资报酬率划不划得来」，今年流感疫苗接种状况还不错，年底流感疫情说不定可以得到比较好的控制，也还很难说，等到12月底、流感疫情较为明朗后，如果疫情还可以接受，指挥中心也能安排降级了。
此外，针对指挥中心天天开记者会一事，黄立民笑说，「好像没什么必要」，指挥中心其实可以每天公布数字即可，不用天天开记者会，让记者去转达这些疫情讯息，效果是差不多的，「这么重要的官员，不用每天花那么多时间在做这件事吧」，真要开记者会的话，其实一周一次整理一下重点、回复成以前的样子也是可以的。
另一方面，外界有声音认为，指挥中心延续至今其实是选举考量大于防疫考量，对此黄立民表示，从防疫的角度来说，选举「不知道是不是重要因素，但确实是个变数」，选举过程中有许多造势场合，会有民众聚集，加上候选人拜票、到处握手等行为也都是风险，因此说怕疫情失控、为了选举维持指挥中心，也不是没有道理，各种可能性都是存在的，但「选举也选完了，应该可以了。」
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