新冠肺炎自2019年底在中国武汉地区爆发，台湾也在2020年初迎来第一例境外移入个案，揭开3年抗疫战争的序幕，台大医院作为国内龙头医事机构，很快也接手了全台第2例确诊个案，近期将抗疫过程著成《那些病毒教我们的事》一书，院长吴明贤回顾这段「无烟硝战争」表示，「如果疫情是一场考试，台大医院已经在这场pass了」。
台大副校长、中央流行疫情指挥中心专家咨询小组召集人张上淳说，过去3年间，台湾面对史无前例的疫情挑战，台大医院在过去SARS期间扮演重要角色，照顾最多病人，新冠肺炎爆发后，也依据该次经验后做了很多整备，并配合国家、提供防疫协助。
张上淳说，新冠肺炎来之前、刚来之后，疾管署很快成立专家咨询小组，由他出任召集人，台大医院也面临新的挑战，从病人到院、快速诊断，到检验部门确认病例，为了让整个流程顺畅，当时也找了各单位主管，检验医学部、感控中心都做了必要准备，台大也很快就碰上中国大陆旅行团中、来自武汉地区的新冠肺炎确诊中年妇人。
回顾这例台大医院接手的第一例确诊个案，张上淳笑说，这位确诊者被同仁暱称为「武汉大妈」，台大医院也自此分离出台湾第一株、全球第4株的新冠肺炎病毒株，后来检验部门也协助指挥中心，设法进行首例本土个案、「云林白牌车司机」的血清学检验，尝试追查感染源，以及造成国内一波恐慌的「敦睦舰队」确诊事件血清学检验。
此外，张上淳说，他同时也是传染病防治医疗网台北区指挥官，这段时间看到很多病患要转入台大医院，尤其是去年5、6月台湾迎来第一波较大疫情时，感染科、胸腔科照护团队随时都会与他电话联络，台大医院也接手众多重症病患，并规划疫苗接种，「感谢过去常常被我电话指示、电话骚扰的同仁」。
台大医院院长吴明贤则说，这段疫情揭露人性与政府缺陷，台大医院靠「超前部署」、「诚实面对」、「团队合作」、「勇敢互信」等「16字箴言」，从2020年春节起就在院长室召开防疫会议，做好准备，也明白该来还是会来，在疫情激烈时，急诊处甚至一周来数百位患者、其中35位需要加护病房，都靠同仁的团队合作，巩固医院的弹性、韧性，并用科学来消除「恐慌、侥幸与假讯息」等疫情3害，书中描述的经验看似平淡，但其实「看似寻常最奇崛，成如容易却艰辛」。
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