医疗应变组副组长罗一钧说明，上周共完成123例基因定序，本土47例，境外76例，其中中国占59例，罗一钧说，整体来说BA.5仍是主流，而境外移入个案分为中国入境与非中国入境，其中中国BA.5占68%（40例），BF.7占32%（19例），其他来源国的变异株种类则较为多元，且境外移入个案中，验出一例境外移入的菲律宾XBB.1个案，非XBB.1.5新兴变异株。
本土定序方面，罗一钧说，BA.5占55%，BA.2.75占28%，较上周19%增加，BF.7占9%，亦较上周5%增加，上周原预测会增加的BQ.1仅2%，BA.2.75、BF.7增加较为明显，后续哪一株变异株会成为主流变异株，仍有待观察，目前看起来还是BA.5稳居第一位。
发言人庄人祥指出，1/7自中国入境来台旅客共1634人，阳性率18.9%，同日通过金马春节交通专案入境旅客共37位，其中7人采检阳性，均自金门水头码头入境，阳性率为18.9%。
庄人祥说明，1/7至1/8疫苗接种 60,462 人次，疫苗接种人口涵盖率第一剂 94%、第二剂 88.9%、基础加 强剂接种率 0.8%、追加剂接种率 75.9%，第二次追加剂接种率 20.5% (65 岁以上接种率 44.6%)。
金门厦门小三通复航已经来到第3日，不过首日阳性率达18.9%，媒体询问，是否可能要求旅客在厦门时，要求48小时内PCR阴性证明？指挥官王必胜则回「暂时不会这样做」，因为回来后就有唾液筛检，报告出来速度也很快。
王必胜也说，因小三通旅客已会遵从0+7检疫措施，回到住所也要做快筛，若期间要出门需有2日内快筛阴性结果，有了这些防护，暂时不会要求走小三通要提供48小时内PCR。
过去一周中国入境采检达19%，媒体询问，与原先预期是否有落差？将带来什么冲击？王必胜回应「这没有办法预测」，由于中国已不做相关统计，无从预测也不会有落差，现只能看实际数字。
王必胜提到，如先前韩国感染阳性率约20%，与中国入境的阳性率有一致性，不过原预估中国感染率较高，这部分则有落差，但中国的疫情从北方到南方，甚至会传到乡村，旅客从不同地方阳性率也会不同。
罗一钧说明，距离春节还有半个月，无法说当时流行的会是哪猪变异株，BA.5应还会是主流、不会这么快退散，其他还有待观察，目前看起来BA.2.75有持续增加的趋势，且BA.2.75与BF.7等相较其他新兴变异株，免疫逃脱优势弱一点点，若是此两个变成主流，传播力不会像XBB、BQ.1影响这么大，而新的变异株在重症风险等方面没有太大差异。
王必胜则补充说，现在的变异株均属Omicron家族，重症、致死率没有太大差别。
中央流行疫情指挥中心今(9)日公布国内新增134例Omicron亚型变异株确定病例，分别为47例本土个案( 26例BA.5、13例BA.2.75、4例BF.7、3例BA.2及1例BQ.1)及87例境外移入( 51例BA.5、10例BA.2.75、21例BF.7、4例BQ.1及1例XBB)。截至目前国内累计检出之Omicron亚型变异株境外移入确定病例：XBB为28例、BF.7为43例、BQ.1为35例、BA.5为1,376例、BA.4为104例、BA.2.75为135例、BA.2为1,030例；另累计本土确定病例XBB为3例、BF.7为9例、BQ.1为15例、BA.5为1,553例、BA.4为5例、BA.2.75为36例、BA.2为2,537例。
指挥中心指出，新增26例BA.5本土个案，占上周所有已定序之47例约55%，为13名男性、13名女性，年龄介于未满5岁至90多岁以上，分布为北部15例、中部5例、南部4例、东部2例，确诊日介于去(2022)年12月8日至12月29日。
指挥中心表示，针对国内境外移入之87例BA.5、BA.2.75、BQ.1、XBB及BF.7个案，为54例男性、33例女性，年龄介于未满5岁至70多岁，入境日介于去年12月14日至今(2023)年1月3日。其中检出51例BA.5个案分别自中国(40例)，日本(4例)，香港及韩国(各3例)移入，另1例感染国家调查中；10例BA2.75个案分别自日本(4例)，泰国(3例)，英国(2例)，韩国(1例)移入；21例BF.7个案分别自中国(19例)，日本(2例)移入；4例BQ.1个案分别自美国、泰国、荷兰及德国(各1例)移入；1例XBB个案自菲律宾移入。
指挥中心说明，世界卫生组织（WHO）于今年1月4日资料指出，全球已发现超过540种Omicron次分支变异株及60种重组变异株；目前BA.5变异株占比约为63.7%，仍为全球主流株惟占比略降；BQ.1、BA.2.75及XBB及其子代变异株占比持续增加，已于至少70-90个国家检出，占比分别约44.9%、11.8%及6.8%(含XBB.1.5)；其中近期XBB.1.5变异株已至少于29国检出，于美国及欧洲占比上升。
BQ.1、BA.2.75及XBB等变异株多已发展出免疫逃脱特性，具较佳增长优势，惟是否引发新一波疫情仍取决于该地区人群免疫力、既往Omicron疫情发生时间与规模及疫苗涵盖率等要素，现有证据显示疾病严重度影响未明显增加；另WHO专家表示XBB.1.5变异株传播能力显著增加，刻正密切评估其风险程度，将持续密切监测国际间之病毒株演变与流行。
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