新冠肺炎疫情期间，各项经费、管制措施多以《严重特殊传染性肺炎防治及纾困振兴特别条例》为法源依据，但相关规范预定于今年6/30失效，届时将回归《传染病防治法》规范，卫福部故为此展开2阶段修法，且第1阶段修正内容已在3月初送入行政院审议，包括相关管制措施，如隔离、检疫、通知相关内容，征用、疫苗采购等，也会在第一阶段处理。
然而，至今距离特别条例届效只剩3个月，今薛瑞元出席卫环委员会、参与逐条审议《再生医疗制剂条例》会议，在休息时间接受媒体联访指出，行政院已经针对疾管署提出的《传染病防治法》草案审过一轮，但还有部分内容要酌修，因此可能会再开一次会，之后可能就可以送入院会、立法院审议。
薛瑞元说，想赶上6月底的时限要拚拚看，也要视立法进度，想在政院版出来后的1到2个月内处理完，真的有点赶，但还是希望来得及，不过以现况来说，如果疫情保持稳定，对指挥中心、新冠肺炎疫情管制不见得会有太大影响，目前隔离、检疫等措施目前逐步解封，若没有出现特殊的变异株、导致相关措施需要重启，基本上不会有太大问题。
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