农业部指出，地震造成苏花公路中断，花东地区农渔畜禽产品必须绕道前往北部市场，运输成本因此增加，而在道路抢修期间为了减轻农民、渔民负担，农业部针对运费将予以补助，时间则为苏花公路交通中断日起至恢复通行运输车辆日止。
毛猪产业补助方面，花东地区农民透过农会、合作社等团体，办理毛猪共同运销供应宜兰、新北或桃园等肉品市场拍卖者，农业部将核实补助每车次8000元上限。
家禽产业补助方面，花东地区农民透过农会、合作社等团体，办理家禽共同运销供应台北市环南市场或新北市家禽批发市场者，农业部将核实补助每车次以8,000元上限。
农产品补助方面，花东地区农民团体办理蔬果共同运销供应台北（一、二市）、新北（三重、板桥）、桃农果菜批发市场及生鲜农产品宅配者，请依苏花公路中断农产品运费补助作业程序，向当地县政府申请补助，补助标准为依运输契约所订运费内容调整，每公斤补助最高以1.3元为限。
渔产品补助方面，花东地区渔、农民团体办理渔产品共同运销，但因苏花公路中断改行南回公路供应台北、三重、苏澳等北部地区批发市场，可依苏花公路中断渔产品运费补助作业程序，向当地县政府申请补助，每公斤补助金额最高4元。
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