未来台南捷运红线原本规划将与高雄捷运红线在高雄大湖区衔接，但据中央社报导台南市政府交通局表示，因高雄市政府考量两市采用捷运系统型式不同，以及民众搭乘便利性，协调后双方境内将采用各自系统作业。
因此，台南捷运红线可行性研究报告中，原本规划设置10座车站及1座机厂，其中6个站点在台南市，分别是大林站、南台南站、仁爱里、台南航空站、奇美博物馆、嘉南药理大学，高雄境内4个站点将取消。将终点由原本规划的高雄大湖R10站，修正至台南嘉南药理大学R6站，未来再由高雄市府研议冈山路竹延伸线往北延规划。
高雄市捷运工程局则表示，整体高捷路网已规划冈山路竹线再往北延伸至奇美博物馆（奇美线）、台南高铁站（沙仑线）等2路线衔接台南，将服务高雄、台南间产业聚落及生活圈。虽目前台南捷运决定不进入高雄，但高雄立场是「现在衔接不成，未来也会串接」。
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