洪瑞壕指出，该研究计划于第一次招标时，共有23家厂商投标，包括「台湾预防医学学会」在内的多家厂商因文件不符规定被判不合格。随后，疾管署进行第二次招标，最终仅「台湾预防医学学会」投标并得标。他质疑该学会成员之一为陈宜民，当时身兼卫环立委，并多次担任卫生环境委员会召集委员，握有卫福部法案的排案权力，令人怀疑其标案过程是否涉及图利或利益输送。
洪瑞壕表示，他拒绝让该学会通过审查，遭高层施压后仍不妥协，结果却付出代价——不仅被调离采购职务，还在短短两年内换了四种不同的工作，考绩全为乙等。他形容，这是权贵对基层公务员的打压，最后只能选择离职，「调离后才觉得真正松了一口气。」
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针对洪瑞壕的指控，疾管署表示，该标案为疾病防治科技研究计划，涵盖五大主题，包括爱滋预防与共病分析等。第一次招标因部分研究需求未满足且多家厂商资格不符规定，因此依法进行第二次招标。第二次招标仅「台湾预防医学学会」投标，并最终得标，过程符合法规要求。
疾管署进一步解释，依当时《公职人员利益冲突回避法》旧法规定，非营利事业的公职人员关系人并未被纳入利益回避范畴。直到107年5月修法后，才将非营利事业公职人员关系人纳入规范。因此，该标案的招标过程并未违规。
对于洪瑞壕的霸凌指控，疾管署强调，目前该案已进入司法调查，将全力配合相关单位调查，若发现有任何人涉及违法，将依法处理，绝不包庇。
此外，疾管署重申，所有采购案件均依采购法规办理，审查与评估过程公开透明，外界可检视其合法性。洪瑞壕在文中强调，他所述内容均属公开资料，并已将相关证据提交检调。他表示，「事实的真相就让检调来厘清」，同时对自己被职场霸凌一事感到无奈，直言：「我是生性乐观的人，完全没有自杀打算，若发生意外，请大家替我讨回公道。」
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