面对质疑，卫福部次长吕建德回应，调查过程已在确保同仁隐私下进行近百位访谈，感谢同仁信任并勇于提供证词。他表示，调查过程依法进行，若有新事证，陈情人可携律师或信任民代陪同参与调查，确保双方都有公平陈述机会，调查程序会秉持勿纵勿枉原则依法处理。他强调，卫福部不会回避问题，并会持续向外界公布最新进展。
针对健保署同仁轻生事件，吕建德补充说明，部长邱泰源已要求健保署另案调查，目前已进行相关程序，并会将进一步结果向社会大众说明。他强调，卫福部重视同仁身心健康，会以最严谨态度检视制度，避免类似事件再次发生。
卫福部表示，12月16日卫环委员会决议，调查报告基于同仁隐私保护，已亲送委员办公室说明，并提供委员检视。据了解，15位卫环委员中已有11位检视报告内容，并提供改进建议。吕建德指出，会尊重委员对报告格式与证据呈现方式的专业建议，未来将进一步调整报告呈现方式，以加强透明度与可信度。
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尽管卫福部强调调查符合程序，民众党仍对处理方式表达不满，批评政府避重就轻，缺乏即时行动。陈昭姿表示，卫福部应公开所有调查资料与访谈纪录，避免外界质疑包庇责任官员，并要求邱泰源与吕建德下台负责。她强调，政府应强化职场霸凌防治措施，确保劳工权益不受侵害，才能真正重建社会信任。
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