台湾存托凭证TDR争议源于《证券交易法》第6条第1项规定：「本法所称有价证券，指政府债券、公司股票、公司债券及经主管机关核定之其他有价证券。」，而金管会一贯主张台湾存托凭证，是采用财政部76年9月12日（76）台财证（二）字第00900号公告核定之其他具投资性质之有价证券。
社团法人中华人权协会指出，台北地院先前承审违反《证券交易法》案件之合议庭周占春法官、周玉琦法官、李鸿维法官，认为主管机关虽以900号公告核定外国公司股票等，为我国证券交易法上之有价证券，只是并未直接将台湾存托凭证明文列入核定范围，之后又认台湾存托凭证即为「外国其他具投资性质之有价证券」，致生争议。
中华人权协会认为，台湾存托凭证为新兴金融商品，未经主管机关以上开方式核定，而以制定《证券交易法》第22条第4项授权之「外国发行人募集与发行有价证券处理准则」，对台湾存托凭证的募集与发行加以规范。
而奇怪地是，政府机关认为法律授权行政机关之核定权不得以制定行政命令之方式行使，又非以《证券交易法》第6条第1项后段，而是以《证券交易法》第22条第4项授权之「外国发行人募集与发行有价证券处理准则」加以核定，亦逾越授权范围。
再者，《证券交易法》第6条第1项后段之规定，就行政机关核定权之行使，无任何目的、范围、内容之限制，亦有违授权明确性之要求。因此台北地院先前承审合议庭周占春、周玉琦与李鸿维三位法官，认为《证券交易法》第6条第1项后段、外国发行人募集与发行有价证券处理准则第3条第7款规定，有违反宪法上法律保留原则及授权明确性原则之疑义，声请解释并宣告违宪而无效。
司法院大法官虽于108年9月27日第1497次会议作成会台字第13275号不受理决议，该次会议共计作出176笔不受理决议，实有清仓之嫌。
协会批评，司法院大法官108年9月27日第1497次会议根本未实质审查有无违反法律保留原则及授权明确性原则之处，只是程序不受理而已！并未认为《证券交易法》第6条第1项后段、外国发行人募集与发行有价证券处理准则第3条第7款规定没有违宪情形。
台湾存托凭证是否属证券交易法上的有价证券，具有重大争议，参与该研讨会之学者专家齐声呼吁，应修法予以改善，以落实人权保障。
连司法实务上审理相关案件的台北地院先前承审合议庭法官，亦声请解释宪法，足见当务之急应由立法者透过修正《证券交易法》方式，使台湾存托凭证法律地位得以明确，否则将滋生法律适用上之疑义，导致冤案丛生。
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