林智坚于2008年在中华大学科技管理研究所的《以TCSI模式评估国内某科学园区之周边居民满意度》论文，在去年7月间被当时国民党籍台北市议员王鸿薇召开记者会质疑其论文抄袭，随后林智坚另一篇在就读台大国发所的硕士论文，由时任国安局长陈明通所指导的《三人竞选之中杠杆者的政治社会基础及其影响—以2014新竹市长选举为例》，也被爆炒袭同所硕士生余正煌《2014年新竹市长选举研究：以林智坚胜选的政治社会基础分析》。
事后两本论文均被认定有抄袭情事，接连下架，林智坚并被两校撤销其硕士学位，因而宣布退选桃园市长。其中台大国发所的部分，去年8月台大以余政煌的论文完成时间早于林智坚，且内容多处重复，因此认定林智坚抄袭，撤销其学位。
由于林智坚不承认抄袭，余正煌为捍卫自身权利委由律师张祐齐、吴俊达、曾威凯，自诉林智坚违反《著作权法》，没想到引来林智坚开记者反批「颠倒是非、太不厚道」，余正煌也加码递状提告林智坚加重诽谤罪嫌。
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