林智坚去年角逐桃园市长期间，被爆料中华大学和台大国发所的论文涉抄袭，其中台大国发所的硕士论文抄袭余正煌的论文，林智坚不仅硕士学位被台大撤销，还被余正煌提起自诉违反《著作权法》，事发期间双方砲火猛烈，互控抄袭，陈时奋则在脸书发文力挺林智坚，还多次质疑是余正煌抄袭林智坚的论文，余正煌不满对陈时奋提告，但检方予以不起诉并驳回再议。
此外，余正煌也对分享陈时奋贴文的冯光远和2名网友提告，检警调查时，冯光远喊冤，他表示分享贴文的是粉丝专页「冯粉知己」，而该粉专是先前他要选举时创立，但都是小编在经营，自己无权管理，文章也非他转贴。检方另传唤2名挨告网友，但2人均没出庭。
不过余正煌已于日前撤回对冯光远等3人的妨害名誉告诉，台北地检署今将3人予以不起诉。
至于林智坚被余正煌自诉提告违反《著作权法》，2人已于今年6月9日出庭调解成功，林智坚同意捐30万给公益团体，并认了过去批评余正煌「不恰当」，余正煌决定和解撤告，双方也说好不会再针对论文案提起任何民、刑事诉讼。
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