台北地检署在起诉书中指出，审酌柯文哲有违市长就职宣誓条例所揭示应恪守国家法令、不收受贿赂等誓词，图予财团百亿不法利益并收受千万贿赂、侵占数千万政治献金，犯后尚于办公处所遭查获撕碎便条纸，上载指示共犯出境及木可内帐有无检查等文字，足征其诿言矫饰，犯后态度不佳，具体求刑28年6月，褫夺公权10年，并科罚金5千万元。
检察官系以柯文哲所犯对于违背职务之行为收受贿赂罪嫌，量处有期徒刑15年，并科罚金5千万元，褫夺公权10年；所犯公益侵占周姓民众等人所捐赠与民众党之政治献金罪嫌，量处有期徒刑5年；所犯以木可公司公益侵占政治献金罪嫌，量处有期徒刑6年；其所犯对众望基金会背信罪嫌，量处有期徒刑2年6月。
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