行政院发言人林子伦表示，陈吉仲近日多次向陈建仁表达歉意，并愿负个人责任，今（19）日晚间再度向陈建仁表达坚辞之意，陈吉仲向陈院长表示，年初因应禽流感所导致国内鸡蛋供给不足状况，启动进口鸡蛋专案，该项专案达到稳定供给、稳定物价、稳定蛋农生计之政策效益；然而，对于社会纷争难以平息，让专案进口鸡蛋政策效益和目的失焦，他必须担负起政务官的责任，绝不恋栈、坚定请辞。
林子伦表示，陈建仁尊重陈吉仲的决定，勉予准辞，并于本周四（21日）生效。陈建仁认为，陈吉仲过去几个月积极处置，极力在符合消费者需求、维护蛋农生计、稳定市场价格间取得平衡，要做到面面俱到实属不易，任务艰巨且非常辛苦。实际上，进口鸡蛋专案也缓解了国内缺蛋状况，并获得稳定蛋价、打击黑市等政策效益；然而，这是国内首次采取规模性进口鸡蛋政策，因过往经验有限，使得在执行层面，有诸如冷链规范、调度管理、积极确认流向、社会说明等有不尽周延、多可精进之处，陈建仁请陈吉仲提出精进措施，作为未来政策之参考，并期盼相关政策能够回归理性讨论。
林子伦并表示，陈建仁也特别感念陈吉仲从农委会副主委至主委，乃至完成改制农业部的一路辛劳。陈吉仲领导农业部以来，致力于「提高农民所得」及「确保粮食安全」，解决台湾农业许多长期的结构问题。包含完备了「三保一金」四大农民福利体系，并投入126亿建立冷链物流体系，提升农产品品质，配合农产品出口的持续成长，降低对单一不稳定市场的依赖；农业部更完成农田水利会改制为公务机关，打破灌区内外差别，扩大服务超过 5.6万公顷，使农民不再受缺水之苦。
林子伦表示，1997年口蹄疫爆发后，台湾生鲜猪肉无法出口，在陈吉仲带领农业部的努力下，2020年台湾正式成为口蹄疫非疫区，历时24年的口蹄疫阴影终于获得解决；紧接而来2018年全球爆发非洲猪瘟，也在陈吉仲与各部会的合作下，成功防堵。
同时，自2015年台湾渔业遭欧盟黄牌警告，解除黄牌就是蔡英文总统上任后的重要目标，在陈吉仲多次亲自与国际协商并积极推动改善措施，2019年才终于顺利解除渔业黄牌，守护台湾于远洋渔业数百亿产值。
林子伦表示，陈吉仲为农家子弟出身，重视农业永续及在地食材安全，更在乎下一代对土地的理解。在陈吉仲领导下，农业部完成食农教育立法，并全面推动绿色环境给付、扩大产销履历，也协助学校营养午餐全面采用国产可溯源食材近98%，深化台湾农业永续发展。
林子伦说，蔡总统所提「新农业政策」，因陈吉仲的有效执行，已达成提升农家所得的目标，2021年主力农家和专业农家平均每户所得提高到155万元及188万元，相关的政策及福利的落实，也为台湾农村及农业带来实质的转型及升级。
林子伦表示，陈建仁已指派农业部政务次长陈骏季暂代部长一职，并要求陈代理部长持续进行社会沟通说明，厘清各界疑虑，同时依照原订规划，于本周四行政院院会提出进口鸡蛋专案的成效检讨与策进作为报告，行政院也将持续准备完整资料，于本周五向立法院提出专案报告。
此外，林子伦补充说明，财团法人中央畜产会林聪贤董事长亦于今日向陈院长提出辞职，表达因进口鸡蛋处理不尽周延，造成社会纷扰，中央畜产会作为政策执行者，本应负起责任。陈院长一并勉予准辞，并同步于本周四生效，后续人事将依照规定，经董事会程序再行派任。
专案进口蛋风暴扩大，先是一人公司超思获农业部补助从巴西进口8814万颗鸡蛋，遭批有图利之嫌，随后爆出业者「误标效期」，第一时间农委会对外解释，因为喷膜，鸡蛋有效期限拉长到120天，云林县长张丽善忍不住讽「它是铁蛋」，紧接另家业者冠军蛋品的进口蛋也疑似标错日期。甚至地方政府曾向农业部索讨资料，以追查进口蛋流向，农业部却说不方便给，引起民怨。
立法院新会期已规划22日院会，邀请陈建仁及陈吉仲等人到立院进行进口鸡蛋的专案报告并备质询，不过，陈吉仲17日晚向政院提出请辞，陈建仁并未同意，并表示陈吉仲有责任向各界厘清所有质疑，并将进口蛋政策进行通盘检讨，作为未来精进措施的基础。
时隔2天，陈吉仲晚间在脸书抛出震撼讯息，表示决定请辞，陈吉仲指，昨天午后下了一场大雨，顿时洗去了内心的纷扰，也洗去了这么多年来不断被抹上的莫须有指控。雨后的阳光洒落在农业部的红砖墙上，不论历经多少艰辛和不被理解的抹黑，总还是会再见到阳光。
陈吉仲过去长期任教中兴大学，总统蔡英文上任后，时任院长林全任命陈吉仲为农委会政务副主委，其后阁揆更迭、民进党2018地方选举惨输，陈吉仲2度欲离都被慰留下来，2019年元旦再度内阁改组，陈吉仲从代理主委（代理请辞的前任林聪贤）升任为主委。
今年初，内阁再更迭，当时各界点名陈吉仲不适任，不过最终陈安全过渡到新内阁，并在上月，伴随农委会升格为农业部，升官成为首任农业部长，当天典礼上，陈吉仲从陈建仁手中接下任命令，适逢下起大雨，陈吉仲称天降甘霖，并推开帮他撑伞的工作人员，淋雨上阵致词，他表示要让农业永续，照顾好所有农渔民福利，提升所得，对抗气候变迁，并走向自动化、机械化，让成本降低，誓言全力努力。如今，敌不过延烧数周的进口蛋争议，陈吉仲已自请离职，陈建仁也予以获准。
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