作计室联合作战计划处处长董冀星少将表示，虽然海域执法平时属于海巡署的职责，但是国防部针对国防安全的维护，是不分平战时，应责无旁贷。此事发生后，国防部要求第三作战区针对单一事件，邀集各部门、海巡署检讨，后续也将针对区域联防、重要军事目标，包括关键基础设施、重要航道的防护作为，实施统一检讨策进。
海军司令部参谋长邱俊荣中将指出，针对小型目标，海上的所有事务都是由海巡与海军共同联系应处，对于海上目标的掌握有其困难度，包括目标大小、天候气象等，像此次的小型快艇，确实掌握有限，未来会与海巡共同强化合作。
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至于这次快艇冲入淡水河是否为中共灰色地带的侵扰？国防部发言人孙立方少将表示，目前检调针对此案性质调查中，相关部会也都提出，无法排除是否为灰色地带侵扰，国防部会依照司法调查结果做定论。
孙立方少将指出，如今敌人在灰色地带的挑战与样态相当多元，威胁程度也更高，因此不仅会从台北港的单一事件看待，也会从整体台湾海域的防御角度看待，统合反制措施后，建立相关的作业程序。
邱俊荣中将表示，海军与海巡有签订资源协定，各责任辖区，包括海巡、岸巡都会透过勤务中心，只要海上出现不明目标，双方都会绵密情传；至于灰色地带应处，自两年前中共军演开始，海军会支援海巡，海巡则在第一线执行非公务船的应处，后续也会把不周延的部分再强化。
邱俊荣指出，年度演训除了汉光演习之外，每季都有大型的联合截击，其实每天也都在各责任区守护海上安全。
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