日本放送协会（NHK）报导，日本调查飞机事故原因的国家运输安全委员会1月3日向羽田机场派遣了6名事故调查官，从早上就开始正式进行调查，接下来将听取双方机长的说法，调查当时的情况和事故原因。
初步调查指出，国土交通部一位官员透露，塔台人员表示事发前，向飞抵机场的日航客机下达「允许进入跑道」的指示，以利其著陆。同时，向海上保安厅下达指示，要求飞机滑行到跑道前。
然而，现在却传出，海上保安厅相关人士透露，海上保安厅飞机机长在事故发生后表示当时「得到了起飞许可」。
显然塔台与海保机出现分歧。根据TBS电视台指出，塔台人员向海上保安厅飞机下达的指令是驶向跑道前，但没有下达进入跑道内的许可。
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调查事故原因的的国家运输安全委员会成员藤原琢也在采受媒体采访时表示，已从海上保安厅飞机上取回俗称黑盒子（Black box）的飞行记录器和座舱通话纪录，他说：「将带回办公室，看看能不能读取里面的数据」。
预料将可以为事发前的通联对话解答。
这起事故造成海上保安厅飞机的机上5人罹难，仅机长重伤生还。日航机上379人全数安全撤离。
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