简讯实联制实施期间（2021年5月至2022年5月）累积发送约47.8亿则简讯，然而审计部于2022年5月查核发现，NCC于查访电信业者办理简讯实联制资料删除过程，未检核原始档案、备份伺服器及电子邮件等资料贮存点，且部分防疫机关透过非公务环境登入疫调辅助平台，致相关个资档案散落于非公务电脑或行动装置，或于实联制措施退场后仍持续下载运用。
另前行政院资通安全处等机关未依规定执行外部稽核，确认各机关下载实联制个资均已删除或销毁，均存有个资泄漏或不当使用等风险，审计部遂于2022年6月函请行政院督促权责机关研谋改善。
NCC副主委暨发言人翁柏宗表示，有点误会了，简讯实联制为指挥中心委托本会代为采购，资料库的保存委由电信业者代为保管，本会都有依照指挥中心指示去，110年7、10、12月，111年3、5月共5次去了5大电信业者机房检查，都有按照相关规定做删除。
简讯实联制资料库由NCC按照契约规定，自动化机制删除28天1922简讯资料，NCC也都有去检查；而关于审计部所指，他也说明，「疫调平台」由各地方政府疫调人员调取而留在自己的手机、电脑中，这部分不是NCC触及的，是由疾管署执掌。
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