全教总指出，台东县某国小校长涉及伪造文书、诈欺已遭判刑，而在澎湖县某国中校长酒驾后遭送办，2人却仍继续参与校长遴选或是担任校长一职，类似情况不胜枚举，痛批教育部行政怠惰、包庇不适任校长，纵有《国民小学及国民中学校长不适任事实调查处理办法》草案公布，从其立法思维以及相关法律的配套措施仍有存在许多缺失，参照的法源包括10年未修的《教育人员任用条例》，然而《教育人员任用条例》也有部分条文参照修正将满5年的《教师法》，不过《教师法》、《教育人员任用条例》却对教育人员不适任的事实样态规范不同，恐将造成处理校长不适任事件的困扰。
全教总理事长侯俊良指出，《国民小学及国民中学校长不适任事实调查处理办法》草案除了明定不适任校长交由主管机关解聘，也可回任成为教师，「真是不可思议。」他也表示，《国民小学及国民中学校长不适任事实调查处理办法》草案的立法思维仅是迁就现况、方便主管机关之实务操作，因此主张不适任校长就是不适任教育人员，既然是不适任教育人员，「还能够担任教师吗？」
全教总呼吁，《国民小学及国民中学校长不适任事实调查处理办法》草案应该回归《国民教育法》第18条第2项规定「公立学校现职校长，经主管机关审查认定具有教师法、教育人员任用条例所定解聘或不续聘之情事者，不得回任」，积极强化主管机关责任，并且完备相关调查程序、认定校长不适任事实成立之后，除应解除当事人职务之外，不得让其回任教师与教育人员，应予直接解聘或不续聘。
另外由于《国民小学及国民中学校长不适任事实调查处理办法》草案仅适用公、私立国中小校长，全教总认为，有关高级中等学校校长不适任事实认定与处理没有相关规范，因此要求教育部比照《国民教育法》立法意旨尽速修正《高级中等教育法》，及早订定高级中等学校校长不适任处理机制。
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全教总续指，纵使《高级中等教育法》无法及时修正，教育部仍可依其职权订定校长不适任处理之相关办法，或于《国民小学及国民中学校长不适任事实调查处理办法》草案加入高级中等学校准用规定，使得高级中等学校不适任校长处理机制一体适用。
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