林智坚于2008年在中华大学科技管理研究所的《以TCSI模式评估国内某科学园区之周边居民满意度》论文，在去年7月间被当时国民党籍台北市议员王鸿薇召开记者会质疑其论文抄袭，随后林智坚另一篇在就读台大国发所的硕士论文，由时任国安局长陈明通所指导的《三人竞选之中杠杆者的政治社会基础及其影响—以2014新竹市长选举为例》，也被爆炒袭同所硕士生余正煌《2014年新竹市长选举研究：以林智坚胜选的政治社会基础分析》。
由于林智坚不认抄袭，同年7月24日、8月9日，于民进党中央党部，针对论文争议召开记者会，林智坚表示，论文题目、研究大纲、研究设计写作都是原创，绝无抄袭，最关键的证据就是，自己比余正煌还先缴交研究计划。林智坚还说，指导教授陈明通在2016年2月1日就把他的研究计划寄还，后来余正煌为了赶毕业年限，陈明通建议余正煌更换论文题目，并把林智坚的民调资料、论文大纲初稿寄给余正煌参考，因此2人的论文才会如此雷同，暗指是余正煌抄袭。
余正煌不仅向台北地院自诉控告林智坚违反《著作权法》，另向台北地检署对林智坚提告加重诽谤罪。
不过今年6月台北地院开庭时，林智坚和余正煌达成和解，林智坚同意捐30万元做公益，并认了过去批评余正煌不恰当，余正煌对2案均撤回告诉，台北地检署今天因而针对妨害名誉案将林智坚不起诉。
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