陆委会今天表示，两岸互不隶属，我政府依照中华民国宪法、《两岸条例》及相关规定处理两岸事务的立场一贯。依照两岸条例的规定，大陆船舶未经许可，不得进入台湾限制及禁止水域。我主管机关为维护渔民权益，依法驱离或扣留越界船舶，以前如此、现在如此，未来也将继续执法，不会因此改变。
陆委会说明，金门地区限制、禁止水域国防部早于1992年10月7日即依据《两岸条例》划设且历经修正公告迄今，双方执法机关均依此进行相关水域执法工作，并据此多次展开执法及海上救难合作，此历史事实及现状不容否认。我方主管机关长期以来对于越界大陆船舶多数以驱离为主，一向采取稳健妥适的执法措施，不存在国台办所说「粗暴驱离」或「无视大陆渔民生命财产安全」的情形。
陆委会提到，但在「三无」船舶（无船名、无船舶证书、无船籍港登记）不断侵扰，以及违法人员拒绝配合并采取危险规避作为下，发生不幸事件。这样的事件谁也不愿意看到，但国台办一再无端指控，无视事发迄今两岸各有关单位积极调查肇因与善后处理的努力，陆委会深表遗憾。
陆委会强调，对于本案肇因正秉持依法、公正、公开的原则，由检方全力调查中，我方会迅速公布结果。对于不幸罹难者的家属，政府已委请海基会基于服务两岸民众的既有经验，负责协助处理善后事宜。我们呼吁双方能互相合作，方有助早日厘清事实真相，共谋策进之道，方属两岸人民之福。
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