针对违宪部分，判决指出「法官就同一案件，曾参与据以声请再审或提起非常上诉之刑事确定裁判者，于该再审（包括声请再审及开始再审后之本案更为审判程序）或非常上诉程序，应自行回避，不得参与审判」、「《刑事诉讼法》未明文规定上开法官回避事由，与宪法第16条保障诉讼权之意旨有违。有关机关应于本判决公告之日起2年内，于刑事诉讼法明定上开法官回避事由。于修法完成前，刑事诉讼再审及非常上诉程序之新收与系属中案件，审理法院应依本判决意旨办理」。也就是说，只有「再审」、「非常上诉」案的法官要注意，如果之前审理过此案，应该自行回避。
至于35名死囚质疑违宪的「更二连身条款」、「重大连身条款」，指的是「最高法院刑事案件分案实施要点」第9点第1项规定：「案件有下列情形之一者，应分原承办股：（一）原审更三审以上再行上诉之案件(更二连身)。（二）重大刑事案件发回更审再行上诉案件(重大连身)。」
死囚们主张「同一法官重复参与同一案件的同审级裁判，可能会有预断风险，影响公正审判」，但宪法法庭认为不论是更二连身条款或重大连身条款，法官所审查的都是下级审（第二审）的更审裁判，不是该法官自己先前所参与的第三审裁判，因此并无「审查自己所作裁判」的预判问题，法官基于个人学养及经验，对于抽象法律问题、各类案件所涉事实或法律争议，原本多少会有一定程度的初步见解或看法，不可能是白纸一张，任何法官皆然，但最高法院法官都是具有长年审判经验的资深法官，对重要法律问题多已形成稳定的法律见解，即使对法律见解确实有定见，也多半来自个人经验及学养，而非单纯因为「先前曾审理同一案件」的影响。
另外，宪法法庭认为最高法院发回判决的意旨，未必对被告不利，因此曾参与发回判决的法官，后来又参与该案再次上诉后的第三审裁判，对被告而言，未必会发生不利的预断风险；另外，曾参与前次发回判决的最高法院法官，如又参与该案件再次上诉后的第三审裁判，有提高审判效率，避免诉讼延迟的正面效益，因此大法官今判决更二连身条款、重大连身条款没有抵触《宪法》保障的诉讼权及法官法定原则，合宪。
此案影响在于宪法法庭若判决连身条款违宪，不光是声请释宪的35名死囚可获重审翻案机会，甚至其他更三审、包括更三审之后定谳的海量案件被告，也可能以判决不合法为由声请非常上诉，势必冲击司法体制安定性。
另一方面，若大法官判决连身条款合宪，形同声请释宪的死囚们的「保护伞」消失，法务部也不能再以「司法救济程序尚未终结」为由，回应38名死囚迟未执行的问题，烫手山芋将回到法务部。
台湾百合公义协会理事长徐绍展日前领衔提出「死刑判决确定6个月内执行完毕」公投提案，国民党立委李德维今年5月在立法院质询此事进度，法务部长蔡清祥当时说：「目前是38件死刑确定的案件还没有执行，因为他们向司法院声请宪法诉讼，所以在这个诉讼还没有裁决之前，救济程序还在进行中，我们必须等待所有的救济程序完毕以后，一定会依法执行。」
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