此案审理时，尤振仲辩称台铁在事故前就知道普悠玛列车有严重的主风泵故障问题，且影响列车安全，却仍让故障车上路，「依照我当时的操作，我没有超速，我看到武荖天桥，就把电门把手收到75，车子在行进当中就是有问题存在，我也一直回报，所有的人也一直跟我联络，我也要求停车，调度员不让我停车」。
尤男还说：「在国家运输安全调查委会会的报告中，曾经显示ATP(列车自动防护系统)的确有故障讯息出现，依照我们的驾驶经验，列车限制动力，会觉得可能是ATP的限制，就像ATP的故障讯息，一年下来有6000多件，所以会合理怀疑就是ATP故障。」
但一审依据事故相关调查报告及行车记录器影像，认定尤男误以为ATP系统故障，自行将ATP系统关闭，使列车失去ATP系统自动防护控制车速的功能，又疏未注意限制速度，以约140公里时速超速行驶，导致列车进入弯道后出轨翻覆，造成多人死伤，因此去年依过失致死罪判刑4年6个月。
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